Wir haben die gleiche Konstellation. Jugendspielgemeinschaft ab C-Jgd. Das was Konschi schreibt kommt mir sehr bekannt vor.
Momentan habe ich noch keine direkten Berührungspunkte zur Spielgemeinschaft, da E-Jgd Trainer, und habe ehrlich gesagt auch die JSG Vereinbarungen noch nicht gelesen, aber nachfolgend mal ein paar Reibungspunkte, die ich so mitbekomme. 
Wenn Ihr nicht komplett verschmelzt als Vereine ist es zunächst eine Zweckgemeinschaft. Jeder versucht das Optimale für sich rauszuholen, das muss einem klar sein.
Kann mir kaum vorstellen, dass Du aufgrund dessen einen Supervisor installiert bekommst, der über den Vereinen steht. Wenn er irgendwo her kommen würde, hätte er wohl irgendeine Nähe zu einem der beiden Vereine.
Direkter Nachbar ist gut aufgrund geringer Fahrzeiten, aber zum direkten Nachbar haben/hatten auch viele oft "hitzige Derbys" / Vergangenheiten. Das kann auch mal ein Problem sein, bspw. zwischen Trainern und anderen Offiziellen, Eltern...
In den jüngeren Jahrgängen kann es zu Problemen mit Eltern kommen, die ein Problem damit haben - zu fahren. Dann wird im Hintergrund intrigiert. Doch lieber eigene Mannschaft stellen (falls möglich), oder warum trainieren wir nicht bei uns? Dann wird verzweifelt nach Argumenten gesucht. Wenn der Geist an der Stelle einmal aus der Flasche ist, und nachträgliche Veränderungen werden angestoßen, dann bekommt man das kaum mehr weg.
So viel wie möglich schriftlich festhalten / vereinbaren ist klar denke ich, und die möglichen Probleme bevor sie da sind offen diskutieren und anmahnen.
Wie viele andere denke ich auch, es steht und fällt mit den handelnden Personen und vor allem den Entscheidern. Die müssen oben zusammen stehen und mit gleicher Stimme sprechen, ansonsten gibt es sicher Probleme. Das ist kein Selbstläufer 