Das ist eine Frage des Führungsstils. Davon gibt s ja bekanntlich mehrere und heutzutage wird als "Königsweg" die situative Führung gepredigt. Der von Dir beschriebene Trainer ist wohl eher der autoritäre Führer. Das hat Vorteile und Nachteile. In einer C-Jugend passt autoritärer Stil normal nicht. In der Trainerausbildung lernt man, dass bei einer C-Jugend der Trainer der "Anführer einer sportlichen Bande" sein soll 
Andererseits kann man als Trainer nicht zulassen, dass Spieler die Aufstellung/das System machen, weil sie denken Du hast es nicht drauf (und damit die Fachautorität verloren hast). Wenn das soweit kommt, bedeutet das nix anderes, dass Du die Sache nur noch "per Order di Mufti" durchsetzen kannst und das widerspricht klar der Positionierung des Trainers in einer C-Jugend. Als Fazit musst Du in so einer Situation als Trainer sofort aufhören.
Der Fehler liegt in mangelnder Erfahrung mit Menschenführung ggf. (aber das ist eine andere aber natürlich flankierende Diskussion) gepaart mit inhaltlichen Mängeln (fehlende Fachkompetenz).
Da der Fisch aber bekanntermaßen vom Kopf her stinkt, könnte man darüber nachdenken, den JL ebenfalls zu köpfen. Wenn die Guillotine erstmal geschärft ist und wenn schon mal Blut spritzt kann man auch gleich einen zweiten Kopf rollen lassen. Der JL sollte nämlich - zumindest das inhaltliche Problem falls es eines gibt - eigentlich sofort sehen und einschreiten, weil er auch die darauf folgenden menschlichen Probleme vorhersagen kann.
Leider gibt es neben dem Platz meist deutlich mehr Pfeifen als auf dem Platz 